在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，…

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑…

炎热的夏日，在海南一战中造成了重大失误的樱木花道痛下决心，剪掉了自己曾经引以为豪的飞机头，顶着一颗毛茸茸的红脑袋出现在湘北的街头。他的决意似乎没有很好地传达给身边的各位，反而遭到大家的嘲笑。正在喧嚣吵闹之时，不速之客出现…