1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡…